کلیه فرآیندهای تصفیه فاضلاب تولید لجن می کند. میزان تولید لجن در فرآیندهای مختلف متفاوت است. خصوصيات لجن نیز به نوع فرآيند بيولوژيكي بستگي داشته و متغییر است. بعلت غني بودن لجن توليد شده از نظر نيتروژن و فسفر، ميتوان از آن در محصولات كشاورزي استفاده نمود.
در صورت تزريق لجن به خاك، با توجه به وجود انواع باكتريها، ويروسها جانوران تكسلولي همراه با ديگر انگلهاي رودهاي در فاضلاب، اين موارد مضر نيز به خاك وارد ميگردد كه ميتواند سلامتي انسانها و حيوانات را به مخاطره اندازد.در گزارش سازمان بهداشت جهاني (سال 1981) بيشترين خطرات كاربرد لجن در زمين مربوط به دو عامل سالمونلا و كرم كدو ذكر شده است.
بجز موارد ذكر شده، لجن فاضلاب داراي عناصر مفيدي مانند نيتروژن، فسفر و مواد آلي است كه مقدار 50 درصد از فسفر آن قابل استحصال ميباشد. نيتروژن قابل دسترس بيشتر به تصفيه لجن بستگي دارد. مواد آلي موجود در لجن مخصوصاً وقتي كه به صورت لجن خشك مورد استفاده قرار ميگيرد، ميتواند ظرفيت نگهداري آب و ساختمان برخي از خاكها را اصلاح نمايد.